Bei der Elektrophorese bewegen sich elektrisch geladene Teilchen in einem elektrischen Feld durch eine Gelmatrix. Die Auftrennung erfolgt nach Ladung, Molekulargewicht und Form. Da ungeschnittene Plasmide in verschiedenen Formen vorliegen können (supercoiled, relaxed, nicked) müssen DNA Plasmide zur Größenbestimmung mittels Elektrophorese immer zuerst mit Restriktionsenzymen geschnitten werden.

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