Bei der Gelelektrophorese durchwandern geladene Teilchen in einem elektrischen Feld eine Gelmatrix. Je kleiner ein Molekül, desto schneller kann es bei gleicher Ladung und Form die Gelmatrix durchwandern. Zur Trennung von Proteinen kommt dabei meist ein Polyacrylamid- Gel zum Einsatz, die Auftrennung von DNA oder RNA erfolgt meist in einem Agarose- Gel.

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