Bei der SDS PAGE werden der Proteine durch Zugabe des Anionischen Detergents SDS (Sodium Dodecylsulfat) und eines Reduktionsmittels entfaltet und in einem Polyacrylamid Gel aufgetrennt. Durch die Anlagerung von Dodecylsulfat Anionen erhalten alle Proteine zudem eine gleichmäßig negative Ladung. Die Auftrennung der Proteine im Polyacrylamid Gel erfolgt daher fast ausschließlich nach der Molekülmasse.